https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER

安装

# 第一次打开会pull这个docker
docker run --user 1000:100 --rm -it teambraker/braker3:latest bash
bash /opt/BRAKER/example/docker-tests/test3.sh

braker.gtf：BRAKER 的最终基因集。

braker.codingseq：包含编码序列的最终基因集，格式为 FASTA

braker.aa：包含蛋白质序列的最终基因集，格式为 FASTA

braker.gff3：最终基因集，以 gff3 格式输出（仅当向 BRAKER 指定了标志 --gff3 时才会生成）。

 正式运行

conda create -n RepeatMasker
conda activate RepeatMasker
mamba install -c bioconda repeatmodeler
conda install bioconda::repeatmasker# Step 1: 建立数据库（只做一次）
BuildDatabase -name Trichosporon_faecale_db GCA_039545375.1_JCM_2941_assembly_v001_genomic.fna# Step 2: 运行 RepeatModeler
RepeatModeler -database Trichosporon_faecale_db -pa 8# Step 3: 运行 RepeatMasker
RepeatMasker -pa 8 -lib ${上一步结果文件}/consensi.fa.classified -xsmall -gff GCA_039545375.1_JCM_2941_assembly_v001_genomic.fna# 得到.fna.masked文件
# BRAKER3
docker run --user 1000:100 --rm -it -v ${挂载的文件夹}:/home/jovyan/work teambraker/braker3:latest bash# BRAKER3 开始
cd /home/jovyan/work
braker.pl \--genome=GCA_039545375.1_JCM_2941_assembly_v001_genomic.fna.masked--prot_seq=GCF_000293215.1_Trichosporon_asahii_1_genomic.faa