LightDock: a new multi-scale approach to protein–protein docking

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server

1示例

故去除约束 next step

结果有正有负合理

2.常见警告⚠

Structure contains HETATM entries. Please remove them or rename to HETATM if possible.

蛋白pdb文件删除杂原子 HETATM；保留或去除水分子

Error reading provided PDB structure

计算化学公社 - 高水平计算化学、理论化学交流论坛

结果：

Run: 1AZP

Run: 6K4J-1AZP_B

liunx

上传原始文件

Protonation 质子化

在生物化学和分子生物学中，质子化通常指的是分子或原子团接受一个质子（H+）的过程，这在蛋白质的结构和功能中尤为重要。

Protein

reduce -Trim 1AZP_A.pdb > 1AZP_A_noh.pdb
reduce -BUILD 1AZP_A_noh.pdb > 1AZP_A_h.pdb

 DNA

reduce -Trim 1AZP_B.pdb > 1AZP_B_noh.pdb
reduce -BUILD 1AZP_B_noh.pdb > 1AZP_B_h.pdb

1.上传文件reduce_to_amber

python reduce_to_amber.py 1AZP_B_h.pdb dna.pdb

3.Atom not found in mapping: HO3'  14.044  -6.401 -11.426
   Atom not found in mapping: HO3' -11.299  10.225  -9.235

Setup

上传文件 restraints.list

lightdock3_setup.py protein.pdb dna.pdb -anm -rst restraints.list

Simulation

上传文件 setup.json 

lightdock3.py setup.json 100 -s dna -c 8

上传analyze.sh

./analyze.sh

理查森实验室

LightDock Server

RCSB PDB - 6K4J: Crystal Structure of the the CD9

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