MySQL Server端的缓存（查询缓存）是MySQL Server层的特性，而InnoDB的缓存（缓冲池）是InnoDB存储引擎层的特性。两者是完全独立的。

下面我们来深入探讨这两者以及InnoDB索引的原理。

归属：MySQL Server特性。它是一个全局性的组件，理论上对所有存储引擎（如InnoDB, MyISAM）的查询都可能生效。
工作原理：
1. 当执行一个SELECT语句时，MySQL会先计算这个语句的哈希值，然后去查询缓存中查找是否有完全匹配（字节对字节完全相同）的查询结果。
2. 如果找到（缓存命中），则直接返回结果，完全跳过解析、优化和执行阶段，效率极高。
3. 如果未找到（缓存未命中），则继续执行查询，获取结果后，会将结果存储到查询缓存中，以备下次使用。
失效机制：非常粗粒度。只要对某张表进行了任何写操作（INSERT, UPDATE, DELETE, TRUNCATE, ALTER TABLE等），那么所有与这张表相关的查询缓存都会全部失效并被清除。这对于写操作频繁的数据库来说，缓存命中率会非常低，维护缓存反而带来了巨大的性能开销。
现状：在MySQL 5.7中开始弃用，在MySQL 8.0中已被彻底移除。主要原因就是其弊大于利，在高并发读写场景下，缓存失效带来的争用甚至会导致性能下降。现在通常建议使用应用层缓存（如Redis, Memcached）来替代它。

归属：InnoDB存储引擎的特性。这是InnoDB自身实现的核心组件。
工作原理：
1. 缓冲池是主内存中的一片区域，用于缓存表和索引数据。当需要读取数据时，InnoDB会先检查数据页是否在缓冲池中。如果在（缓存命中），则直接读取内存，速度极快。
2. 如果不在（缓存未命中），则从磁盘读取相应的数据页，并将其放入缓冲池中，然后再进行读取。
3. 对于写操作，修改的也是缓冲池中的数据页。这些被修改但尚未刷新到磁盘的页称为脏页 (Dirty Page)。InnoDB有后台线程定期将脏页刷新到磁盘，这个过程称为刷脏 (Checkpointing)。
重要性：这是InnoDB性能的核心。通过缓冲池，InnoDB将磁盘I/O操作最小化，将最多的操作在内存中完成。缓冲池的大小（通过 innodb_buffer_pool_size 参数设置）是MySQL性能调优最重要的参数，通常建议设置为服务器物理内存的50%-80%。
与索引的关系：B+树索引的非叶子节点和频繁访问的叶子节点都会常驻在缓冲池中，这使得基于索引的查询速度非常快。

InnoDB使用B+树作为其索引的数据结构。B+树是为磁盘存储而优化的，它具有以下特点：

InnoDB的表必须有一个聚集索引。
数据行本身就直接存储在聚集索引的叶子节点上。因此，表数据本身就是按聚集索引的顺序物理存储的。
通常，聚集索引就是主键（PRIMARY KEY）。如果没有定义主键，InnoDB会选择一个唯一的非空索引代替。如果也没有，则会隐式创建一个 rowid 作为聚集索引。

最左前缀原则：对于联合索引 (a, b, c)，它可以用于查询 a, (a, b), (a, b, c) 的条件，但不能用于跳过 a 直接查询 b 或 c。
覆盖索引 (Covering Index)：如果查询的字段都包含在某个索引中（例如在索引 (a, b) 上查询 a, b），则引擎可以直接从索引中获取数据，而无需回表，极大提升性能。
索引下推 (Index Condition Pushdown, ICP)：MySQL 5.6引入。在索引遍历过程中，提前对索引中包含的字段进行WHERE条件过滤，减少回表的次数。
ps：如果没有索引下推优化（或称ICP优化），当进行索引查询时，首先根据索引来查找记录，然后再根据where条件来过滤记录；在支持ICP优化后，MySQL会在取出索引的同时，判断是否可以进行where条件过滤再进行索引查询。